11月5日，蒋介石在蒋纬国的请求下，开始整顿准备用于死守南京的部队，正所谓“兵不在于多而在于精”，因此接受整顿的部队并不多，就是进行德械化建设的第一批10支部队，即：第3师、第6师、第9师、第14师、第36师、第87师、第88师、中央军校教导总队、独立第2补充旅、税警总团（第918团、第128团）。这十支部队都在上海战场上损失过半甚至损失大半，为集中力量、加强指挥，因此进行全面的合并重编，其中：
税警总团（第918团、第128团）、独立第2补充旅合编为第77师；
第36师、第87师、第88师合编为第88师；
中央军校教导总队、第3师、第6师、第9师、第14师合编为第99师；
另外，暂编第100师（生化兵部队）正式改为第100师。
四师里，第77师是三旅九团制（一旅下辖三团），第88师和第99师是三旅六团制（一旅下辖二团），第100师是八团制（师直接下辖第1001团至第1008团共八个团）。毋庸置疑，这四个师是国军德械师最后的余脉浓缩。死守南京的部队以这四个师为骨干，完成历史使命。
同日下午，南京最高统帅部正式发布命令，成立南京卫戍司令部，铁道部大楼被改为南京卫戍司令部所在地，其中主官名单分别是：
南京卫戍司令长官蒋介石上将（特级上将）
副司令长官唐生智上将（一级上将）
参谋长萧山令少将副参谋长蒋纬国上校
这个名单被公布后，顿时国内外一片震惊大哗，唐生智目瞪口呆，他原以为自己肯定就是南京卫戍司令长官了，没想到蒋介石居然亲自担任南京卫戍司令长官之职，除了蒋纬国，所有人的反应都跟唐生智一模一样，都极度难以置信。“老蒋这是搞什么鬼？”“老蒋到底在发什么癫？”“老头子脑子不正常了？”“开什么玩笑！他居然自己担任南京卫戍司令长官？不是已经有唐生智给他顶缸了么？”“还以为他说着玩，没想到他居然真的自己担任南京的卫戍司令长官？”国府、国军、国民党内一下子都炸开了锅，何应钦、陈诚、徐永昌、程潜、李宗仁、白崇禧、顾祝同、陈绍宽、欧阳格、周至柔等军方高层集体瞠目结舌，而以汪精卫为首的一干党政文官也同样集体震惊得呆若木鸡，远在千里之外的宋哲元、阎锡山、傅作义、韩复榘、余汉谋、刘湘、龙云等封疆大吏们在得知此事后第一反应都不约而同地是“不可能！肯定搞错了！”
稍微恢复一些思绪后，众高层犹如过江之鲫般一窝蜂地扑向蒋介石的办公室，准备“泣血死谏”，一是搞清楚到底怎么回事，二是顺便表达忠心，说辞自然是现成的，无非就是“委员长，您是党国最高领袖，职责重大，岂能亲陷险境？凡事有我们呢！哪能让您留在南京呢！”但众高层在办公室门口被侍卫长王世和挡在外面：“诸位长官毋须多虑！委员长会在下午的新闻发布会上解答诸位心中疑惑！还请诸位长官各安其位、各司其职，争分夺秒、专心公务！”
这件事成了当天的爆炸性特大新闻，各大报纸媒体争相报道，标题纷纷如下：
《蒋委员长亲自担任南京卫戍司令长官之职！南京绝不会沦陷！》
《蒋委员长亲自坐镇南京，指挥国军迎战来犯倭寇！》
《蒋委员长与蒋纬国分别担任南京卫戍司令长官和南京卫戍司令部副参谋长！当代的上阵父子兵！令人激动振奋至极！》
国内各界无不因此而一石激起千层浪，国外各方也因此而引起轩然大波，东京的日本军政高层们更是感到匪夷所思，急忙密切地关注、研究、商讨这个“完全没想到的意外情况”。
“我太了解蒋介石了。”已搬到上海市区的上海派遣军司令部内，松井石根大将用不可思议的目光看着手中的报纸，“他虽然也有一些革命军人的无畏气概，但绝非喜欢冒险的人，更何况，他现在身居高位，从对国家负责的角度出发，他也不该轻易拿自己生命冒险，除非…”松井大将微微地打了个寒颤，他看着旁边的石原莞尔。
“除非，他有必胜的信心。”石原莞尔蹙眉思索，“或者，他有充足把握认为我们不会攻打南京，所以通过这个办法来鼓舞士气或稳定民心。”
“什么意思？”松井大将心头一个咯噔，“难道内阁那帮政客已经跟蒋介石政府在暗中达成什么协议了？所以蒋介石才会如此有恃无恐？对啊，这种和谈停战的呼声最近在内阁里一浪高过一浪，好像德国政府也在积极插手，近卫首相这几天频繁会见德国驻日大使，难道内阁真的跟蒋介石政府媾和了？并且还瞒着我们军方？”想到这里时，松井大将心里忍不住涌起了一股强烈的怒意，他认为，以自己为代表的帝国军将士们在前线战场上为了帝国利益而浴血拼杀，结果后方的那帮无耻官僚却跟敌人暗中勾搭，在谈判桌上悄悄地出卖前线军队，简直是可忍孰不可忍。不过，松井大将转念一想，觉得这个可能性其实不大，内阁那帮文官素来在军方面前犹如老鼠见了猫，怎敢如此胆大妄为？那么，这件事就有可能是另一个原因，但是，第二个原因比第一个原因更让松井大将感到恼怒，“蒋介石欺人太甚！”松井大将怒不可遏，“他是不是真觉得他是大日本帝国的对手？他是以为帝国军不敢攻打南京？还是以为帝国军拿不下南京？目中无人！岂