南京军，这支军队是南京会战前蒋纬国整编国军战前共有的11支德械部队（第3、第6、第9、第14、第36、第87、第88师、中央军校教导总队、独立第2补充旅、第918装甲团、第128机械化步兵团；另外，第918团和第128团就是稅警总团）成立的用于保卫南京的“中国最强军队”“十万南京军”，在会战期间和会战结束后，因为不断有新部队被补充进来以及进行多次大规模的扩建，再加上蒋纬国的苦心经营，南京军发展得越来越庞大，形成一个半独立的军事集团，属于蒋纬国嫡系势力“宁系”，是中国陆军最重要的组成部分，直属于蒋纬国统领，无论武器装备、训练、战斗素质、战斗精神、战斗意志、战斗力、士气、财力，还是战术先进水平、军事思想...都堪称“中国军队第一”。截止到1939年底，南京军已经发展到27个师，包括26个野战师（此时约有一半部队还在建设中）和1个生化兵师（该师也是国军唯一的生化兵部队）。全部建设完成的话，南京军的正规军总兵力高达约100万人。
蒋纬国的嫡系地盘主要是华北六省一市：山东省、山西省、河北省、绥远省、察哈尔省、热河省、北平市，以上六省一市在军委会统帅部的军区/战区规划中被设立为三个军区/战区，包括：第五军区/战区：山东省、河北省、北平市；第二军区/战区：山西省、绥远省；第八军区/战区：热河省、察哈尔省，所以南京军的驻扎地基本上就是华北六省一市、华北三大军区/战区。南京军总部在北平。南京军拥有荣誉称号“龙魂军”，同时又被称为“华北军”，不过，需要注意的是，南京军不等于华北军，南京军是华北军的主体，华北军除了南京军外，还有一些其他部队（主要是东北军旧部等地方军）。南京军所有师的编制都是“三旅九团制”，十分强盛，南京军一个师在规模上比日军日军一个甲种师团还要大一点（日军一个甲种师团拥有约2.5万至2.8万兵力，南京军一个师拥有约3.3万至3.5万兵力）。根据武器装备类型，南京军27个师大致上被分为“德械师”“中械师”“日械师”三类，德械师是基本上使用98k式步枪等德式武器的师（中国军工业此时有能力生产德式武器），中械师是基本上使用中正式步枪等中国本土出产武器的师，日械师是基本上使用三八式步枪等日式武器的师（这些日式武器一部分是来自战场上缴获，更多的是来自联盟条约被签署后日方转让给中方的）。
南京军1个师下辖3个旅，1个旅下辖3个团，1个团下辖3个营，1个营下辖4个连，1个连下辖4个排，1个排下辖4个班，1个班12名至15名军人。南京军一线部队每个团都拥有炮兵营、特种兵连、狙击手连。机械化装备上，按高低顺序是：坦克、装甲车、汽车、摩托车、自行车和驮畜，部队机械化水平按高低顺序依次是：装甲团、装甲步兵团、机械化步兵团、摩托化步兵团。
南京军总部位于北平，实际上，南京军没有真正的总部，因为南京军并非真正的独立的军事集团，所以南京军总部其实是军委会大本营设立在北平的“北平行营”，北平行营主任是国军副参谋总长杨杰。
南京军的27个师，第师在建设中，第100师是受军委会直属的“特殊部队”，其余16个野战师被编为5个军，分别是第77军、第31军、第37军、第10军、第100军：
【第77军】军长黄维副军长王耀武；下辖第77、第师；
【第31军】军长李玉堂副军长宋希濂；下辖第88、第师
【第37军】军长陈明仁副军长陈安宝；下辖第师；
【第10军】军长冯治安副军长张自忠；下辖第37、第38、第39师；
【第100军】军长孙桐萱副军长孙殿英；下辖第20、第40师。
南京军27个师的具体编制和主要军官名单如下：
【第77师】（德械师，荣誉称号“无敌”）
师长钟松副师长蒋纬国参谋长萧爻副参谋长刘峰岭
师部直属机构：参谋处、情报处、副官处、军法处、军医处、政治处、特务处、宪兵处；
第77旅旅长胡琏副旅长赵志华
第918装甲团、第128装甲团、第813装甲团
旅部直属部队：卫队营、工兵团、运输团、通讯队、宪兵队、卫生队等；
第78旅旅长孙天放副旅长方先觉
第781装甲步兵团、第782机械化步兵团、第783摩托化步兵团
旅部直属部队：卫队营、工兵团、运输团、通讯队、宪兵队、卫生队等；
第79旅旅长王庚副旅长戴安澜
第791装甲步兵团、第792机械化步兵团、第793摩托化步兵团
旅部直属部队：卫队营、工兵团、运输团、通讯队、宪兵队、卫生队等；
师部直属部队：
第1重炮团（下辖3个重炮营、3个步兵营、3个运输营）团长蔡忠笏；
第77骑兵旅（下辖3个骑兵团、3个迫击炮营、3个机枪营）旅长裴峰；
师部卫队团、机动步兵团、通讯队、宪兵队、野战医院等；全师总兵力约3.7万。
【第88师】（德械师，荣誉称号“常胜”）师长杜聿明副师长孙立人；
第88旅旅长温应星副旅长胡献群
第881机械化步兵团、第882摩托化步兵团、第883摩托化步兵团
第87旅旅长赵君迈副旅长韩增栋
第871机械化步兵团、第872摩托化步兵团、第873摩托化