日本的谍报机构主要是隶属于其内务省的特高课，特高课不只是对中国进行谍报活动，也对苏、美、英、德等大国进行同样的间谍情报活动，对华设立有“梅、兰、竹、菊”四大主要机关，中日议和停战以及中日展开联盟合作后，根据中方要求，梅兰竹菊四机关被裁撤，停止对华谍报工作，实际上，四机关仍然存在着，只是转入隐蔽蛰伏的状态，不与中方特工部门发生正面冲突，同时，特高课另外成立了“樱机关”，该机关是“为适应帝国和中国的新关系以及日华新局势”而成立的。中日“化敌为友”后，中日关系是复杂而微妙的，为了共同的利益，中日以联盟合作的方式进行“互相利用”，继而导致两国高层里出现了全新的对日/对华主张和不同的派系。比如，在中国高层里就出现了以下几种对日主张不同的派系：
以汪精卫为代表的亲日派，此派系成员是真心诚意地主张中日“化敌为友、摒弃前嫌”，然后携手共进、同心同德，在此时的战争时期并肩作战，在以后的和平时期仍然要密切合作；
以何应钦为代表的和日派，此派系成员一方面不打算跟日本人“化敌为友”{以何应钦举例，他原本立场是亲日的，但他在中日战争前屡屡遭到日方羞辱为难，因此并不真的亲日，只是不想与日为敌}，一方面愿意跟日本人携手合作，实现互利双赢，在战后井水不犯河水；
以蒋纬国为代表的反日派{仇日派}，此派系成员完全没打算真的跟日本人“化敌为友”，只是想利用日本实现中国自身利益的最大化，最终再对日本进行秋后算账，彻底地灭亡日本。
以上三派系里，亲日派、和日派分子非常活跃，反日派分子比较低调，因为中日毕竟正处于联盟时期，反日派不方便公开活动或公开宣传主张，比如蒋纬国本人，他现在把自己打扮成“亲日派分子”是为了麻痹日本人。逻辑是现成的：如果蒋纬国等反日派分子公开地声称“跟日本人一起对付完中日共同敌人后，中国还要跟日本算账”，那中国在眼下还怎么利用日本？所以，由于蒋纬国的“以身作则”，中国高层里的“反日派”似乎根本不存在{比如蒋纬国的部下，哪怕内心反日，看到蒋纬国都“亲日”了，他们自然在不情不愿中也跟着一起“亲日”。在眼下南京军里，大部分官兵都相信蒋纬国是“亲日派”分子，因为官兵们都已经知道蒋纬国是中日混血儿}，因为不受到“反日派”的打压，亲日派、和日派愈发地成了中国高层的主流主张；另外，比起“高瞻远瞩”的高层，中国民间仍然“不喜欢日本人”。
日本高层里的情况跟中国差不多，也分为三大主张派系：
以首相近卫文麿、外相重光葵、联合舰队司令长官山本五十六等高层为代表的亲华派，他们的对华主张跟以汪精卫为代表的中国高层亲日派一样；
以陆军大臣多田骏、陆军次长东条英机、军令部长永野修身、海军大臣米内光政等人为代表的和华派，他们的对华主张跟以何应钦为代表的中国高层和日派一样；
以参谋次长石原莞尔为代表的反华派{仇华派}，此派系成员自称“清醒派”“防华派”，他们完全不认为中日已经握手言和，更加不认为中日已经化敌为友，他们相信中日只处于“互相利用”的关系阶段，中国早晚会在背后反咬日本一口、猛捅日本一刀。他们跟蒋纬国等“反日派”一样，碍于此时中日“亲密友好的关系阶段”而不能公开活动，所以他们低调而隐秘，该派系对中国一直都怀着深深的警惕心和防备心，樱机关是该派系的重要工具。该派系认为：
日本在此次世界大战中究竟能否获得最终胜利，对华关系结果和对美战争结局是两大决定性的关键。日本曾经战胜国力大大强于日本的清国、俄国，但取胜办法并不是攻入北京、莫斯科，灭亡了清国、俄国，而是在战场上取得压倒性的、决定性的重大胜利后，最终强迫清国政府、俄国政府签署让日本获得重大利益的停战条约，眼下日本与美国的战争也是一样，美国的国力远远地超过日本，日本通过常规战争手段几乎没可能战胜美国，唯一的获胜渠道就是日清、日俄战争时曾用过的，这也是山本五十六等日军高层的构思和策略。只要日军{主要是日本海军}在太平洋上取得压倒性的、决定性的重大胜利，日本政府再适当地让出一些利益，就可以“引诱”美国政府跟日本政府谈判停战，日本就可以在获得重大利益的情况下结束和美国的战争，取得日美战争的胜利，接下来，日本的两大盟友，中国、德国会是什么反应？石原等人已经认真地分析过，他们的结论是这样的：
中国在看到日本与美国停战并且是在日本全盘获胜、得到重大利益的情况下实现停战，不管中国高层在暗地里、内心深处打的是什么主意，他们无论如何也不敢打已经打赢太平洋战争并且国势大盛、国威大振、国力大涨、国土大增的日本的主意，只会借坡下驴地向日本表示祝贺，然后跟日本继续“做朋友”，另外，中国也没有直接参加对美战争，日美停战后，中美不可能交战，整个亚太地区就恢复和平了，接下来，日本是跟中国相安无事{同时全国集体大搬家到澳洲}还是再度侵略中国{石原等人不主张日本在打赢太平洋战争后恢复侵华战争，实际上，日本高层里没有几个人打算在打