地球联邦，四年前因为天人组织带来的压力过于巨大，原先的三大联盟根本无法与之抗衡的缘故，联合全球百分之九十以上的国家所成立。因为有变革者在幕后的支援，掌握了近乎所有-t型太阳炉的地球联邦在武力方面要远远超过试图抵抗其统治的势力。
虽然伊奥里亚想要达成的第二阶段，是由变革者来引导人类走向变革之路，但被利冯兹阿尔马克作为自己的计划而执行的计划第二阶段变得极为残酷而血腥。在变革者的指使下，地球联邦成立了**治安维护部队a-la，表面上其活动是为了世界和平并统一世界，实际上是以高压政策打击反地球联邦势力，由变革者在幕后掌控的组织。
vda的掌握让变革者不断获取着大量的最新消息，使用vda的能力。过去为了理解人类的思考模式，不断被vda制造出的变革者终端潜伏在人类之中的拟变革者在精心挑选后，成为了拟变革者掌握地球联邦的重要命脉。
因为变革者所拥有的技术和财力，比起地球联邦的普通军队拥有更加卓越的技术所制造的机动战士。配给的战舰和机动战士的数量也要远远超过任何一支部队的数量，甚至在卫星轨道上，还暗地里建造了大规模卫星兵器。而应对不服从自己的存在，a-la与变革者所采用的方式十分残酷，a搭载型自动杀人兵器被a-la所开发，许多杀手也在为a-la服务。连那些全球著名的财阀与家族也有许多未能幸免于难。
沙慈克洛斯罗德，曾经被阿雷路亚在其修学旅行的事故中救出的学生，此时已经是一名在太空工作的工程师。在四年前高达与地球联邦的决战之后，沙慈的女友露易丝哈勒维所在的哈勒维家族恰好因为其庞大的资产被拟变革者看中，利用不同的手段将有关于哈勒维家族的成员除掉大半，剩下的成员也被按上了各种罪不为人知的时候人间蒸发。露易丝本人也被牵连，以怀疑与**组织卡塔隆有所联系并提供帮助的理由强行带走。
虽然沙慈用上了自己所能用的手段。包括拜托自己在著名报社工作的姐姐查询有关路易斯的去向，但可惜的是，由于是与**有关的罪名，路易斯被囚禁的位置并没有显示在公开的监狱之中。而是在a-la专门建造的监狱内。因此，不旦没能找到自己的女友所在，反而因此被a-la盯上的沙慈被a-la以同样的罪名所逮捕，而其姐姐娟江克洛斯罗德则是被闯入其工作场所的a-la特务部队当场以窃取联邦机密为由击毙。
失去了自己的姐姐和自己的女友，自己还被抓到了名为辉煌的高压太空站中。在高温与高重力的环境下做着艰苦的体力工作。沙慈此时的心中可谓是绝望的。没有怜悯与理解，唯有斥责与惩罚，在高重力环境工作却没有丝毫的保护措施。完全是将这里的囚犯充当免费不用担心人权的劳力来使用。在高重力下筋疲力尽的的囚犯所能得到的支援，只有迎面而来的皮鞭和拳头的痛殴来强迫自身继续工作。
为了有一天可以与自己的女友再次见面，沙慈忍耐着失去姐姐的痛楚，在高重力中努力地挣扎着。相信着只要不放弃希望，总会找到从名为辉煌的监狱中逃脱。尤其是从周围被关押的卡塔隆组织的成员口中得知了一段时间后，卡塔隆将会到辉煌进行劫狱，救出被a-la所关押的平民……
另一边，名为苍天的宇宙殖民舰上。新生三位一体的三人在寻心不在场的情况下，由拉斐尔爱夫曼担任临时最高指挥官进行领导。而最近的时间，忙于修复世界空间法则损坏部分的寻心在得到雷欧的提醒，得知地球联邦并没有依照伊奥里亚的计划中的预想般发展。而是在拟变革者的暗中谋划下，变成属于拟变革者因为私欲而控制整个星球的计划。
虽说现在寻心实际上没有必要继续参与到盖文明的进程中，不过考虑到天人的战力和a-la战力相差过大，此外还因为寻心当初的行动，令拟变革者感到了危机。因此四年间极力扩张拟变革者和a-la的武力，并不是现在的天人可以对抗的强敌。
而伊奥里亚留下来的td日v系统，也是寻心回到这个世界。在这个文明中观察的重**。毕竟由人类自身引发的进化，还是很有参考的价值在内。
考虑到苍天内战力有所不足，寻心运用苍天内的量子运算阵列开始搜寻合适的高达驾驶员。但是由于筛选的条件十分严格，所以最终符合条件的人选也不过是找到了洛克昂的弟弟。莱尔狄兰迪作为高达的驾驶员。由于其擅长操作的机体以及身体能力与其兄极其相似，因此寻心为其配备的机体，是经过拉斐尔爱夫曼教授运用量子运算阵列改良后的力天使高达的强化型力天使高达改。
“说起来，莱尔正式加入苍天的时候，还说过苍天之中少有人烟，连适合交谈的妹子都没有呢。”
“啧啧。毕竟人实在太少了嘛……”
在短时间内尽可能熟悉力天使高达改的莱尔在驾驶舱内轻佻地吹了声口哨，回应着寻心的抱怨。
天人方面由于第一阶段的任务被误认为是完成，因此有许多先前给予天人经济援助的家族撤去了资金。还有一小部分家族因为权势不够强大，遭到了拟变革者的打击而消失了踪影。如今天人在数百年间所积累的资金陷入了短缺，人力方面因为拟变革者们的打击以及vda的资料泄露，同样失去了许多支撑天人的中坚力量。
所幸，高达驾驶员当中，