蒙时雍的率众投降并不代表着吴军和太平军的南京大战画上句号，为了彻底消灭南京城里和城外的敌人，吴军又足足用了两天多的时间清剿城内残敌，抓捕隐藏在民间的太平军将士，追杀逃进北面紫金山区的太平军官兵也顺便收缴太平军十余年来在江南各地搜刮来的金银珍宝，古董文物，没收太平天国各大头目聚敛贪污而来的民脂民膏，黑吃黑吃得不亦乐乎。
一部分太平军将士的顽固表现让吴超越和吴军将士都十分意外，在洪秀全已死、李秀成被俘和蒙时雍已经主动投降的情况下，一部分的太平军将士不但依然拒绝放下武器投降，坚持依托街巷房屋与吴军血战到底，还有人直接喊出了‘不留半片破布给妖兵享用’的口号，宁可一把火烧烧掉他们所保护的财产物资，也不愿让吴军将士的贪欲得逞。期间江浙太平军的重将吉庆元战死，李秀成的干儿子李容发则是不知所踪，不知道是死在了随处可见的火海之中，还是藏身进了民间。
许多的吴军将士因此倒在完全胜利前的最后一刻，许多的太平军将士在被重重包围后先是打光子弹，然后纵火**而死，而这其中既有被邪教洗脑最严重的南京太平军，也有加入太平天国时间不是很长的江浙太平军。而更加让人难以思议的是，在吴军已经一再承诺不少俘虏的情况下，短短的两天多时间里，吴军战俘营中竟然先后发生了三起千人规模的战俘暴动，小规模的骚动逃亡更是多达二十余次，逼得吴军将士只能是痛下杀手，残酷屠杀了近两千名已经放下武器投降的太平军士卒。
考虑到将来光复东南的战事很可能要以怀柔为主，吴超越也十分重视这些情况，花了相当不少的力气调查太平军为什么这么顽固的原因，还有太平军战俘为什么会在放下武器后再次作乱的原因。结果调查出来的结果让吴超越感觉棘手，原因一是太平军的确被邪教洗脑十分严重，相信为太平天国战死后可以上到天堂；二是各种各样的国仇家恨，许多太平军将士想为战死遇害的亲人报仇，所以坚持要和吴军血战到底。
第三则是流言作祟，太平军战俘中不断有人传言说吴军迟早会屠杀战俘，导致太平军战俘为了活命而暴乱逃亡，而这样传言的源头既有些来自被邪教洗脑严重的太平军战俘，也有很多是太平军战俘不肯相信吴军不杀俘虏的承诺，在恐惧中自行创造的谣言。
“麻烦啊，这些没脑袋的蠢货长毛，放下了武器也不让人省心啊。这些蠢货怎么就不想一想，江浙福建还有那么多土地城池被其他的长毛掌握，老子是疯还是傻了会去干屠杀战俘的事？老子以后还想不想招降其他的长毛军队了？”
揉着涨疼的太阳穴，吴超越满嘴脏话，全无咱们大清镇南王的风度风范，好在在场的几个吴军文武都已经熟悉了吴超越的为人德行，对此倒也见怪不怪。点头附和之余，戴文节还建议道：“镇南王，应该早点处理战俘的事了，一是我们现在需要稳定人心，二是好几万的战俘关在战俘营里，粮食消耗也是个大问题。”
“镇南王，按老规矩办吧。”周文贤也建议道：“老弱的发点干粮和路费遣散，青壮的甄别收编一部分，剩下的打发到工地矿山干几年苦役，这样一来，长毛战俘的人心也就可以稳定了。”
“当然得尽快这么干。”吴超越点头，又皱眉说道：“不过这次有点不同，我想多收编一些长毛的精锐战兵，把他们武装起来，用来打剩下的长毛，北方的乱党，还有我们答应过琉球国要给他们帮忙打扶桑，这些战俘也正好可以派上用场。”
“这事好办，青壮的长毛战俘里，只要把两广老贼挑出来，剩下的想怎么收编都行。”戴文节想不想就说道：“至于那些出了名顽固的两广老贼，要不就发配去当苦役，要不就卖到海外去当劳工，既不违背我们的承诺，又可以彻底消弭隐患。”
发配去做苦役和卖到海外做华工，一向都是吴军对待太平军两广老兵的不二法门，已经无比清楚太平军老兵顽固程度的吴超越当然再次点头，然而吴超越的神情依然还有些担忧，盘算了半晌后，吴超越还突然说道：“我想重用李秀成，让他重新带着这些新收编的战俘上阵作战，帮我们去打剩下的长毛，北方的乱党，还有海外的日本鬼子，你们觉得怎么样？”
“这……，太冒险了吧？”戴文节、张德坚和周文贤等人一起惊呼，都说道：“镇南王，这是不是太弄险了？李秀成这个大长毛是被我们包围后被迫投降，又在长毛军队里威望那么高，让他去统率新收编的长毛降兵继续上阵作战，不是等于放虎归山，给他东山再起的机会？他只要稍有异心，我们之前在江宁战场上的努力，马上就要白白浪费啊？”
“但如果李秀成能够死心塌地的为我所用，那我们不但马上可以增添一支精锐劲旅，接下来的东南大战，也可以轻松许多。”吴超越淡淡说道：“收复江浙福建的失地，我们起码可以少打上百场仗，节约至少一年的时间，少牺牲无数的将士。”
“话虽不错，但我们如何能够确认李秀成死心塌地的为我们所用？”戴文节问道：“如果李秀成心存异志，大可以假装向我们投降，先骗到兵权恢复自由身，然后不但可以随时带着军队逃回江浙，说不定还会在背后突然捅我们一刀，给他效忠的洪秀全报仇。”
吴超越不