最初的时候，扶桑当局坚决拒绝进行赔偿。理由也很简单，既然已经确认是由个人行为引发的冲突，那么扶桑当局所能承担的就只是民事责任，而且扶桑也愿意为华夏遭受的非军事损失提供赔偿。至于由冲突导致的损失，不在民事赔偿范围之内，而且双方在决策阶段都有责任，因此华夏没理由要求扶桑进行单方面赔偿。此外，双方都没有向对方宣战，冲突没有演变成为战争，所以不存在战争赔偿的说法。
因为这个巨大的分歧，谈判数次终止。
僵持了三个月，扶桑当局终于坚持不住了。
很简单，随着大选开始，如果与华夏的停火谈判没有取得关键进展，山口友雄未必能够成为下一任首相。
在扶桑做出了让步，表示愿意就赔偿进行谈判之后，华夏也做出了让步。
以当时的情况，华夏当局也不希望等到扶桑新政府成立之后再进行谈判，毕竟山口友雄还算得上可以谈的对象。要是来一个不那么愿意谈判的首相，就算局势不会失去控制，谈判也会拖延下去，最后很有可能无果而终。如果由此导致与扶桑的关系没能正常化，那么遭受的损失就不是赔偿能弥补的了。
在进行了几轮艰难的谈判之后，双方最终就赔偿达成协议。扶桑以民事赔偿为名，通过减免华夏企业与商品进入扶桑市场的关税，在未来二十年之内，向华夏支付总额不低于五千亿华元、不高于六千亿华元的赔款。做为对等条件，华夏将放弃战争赔偿要求，并且不得提出其他民事赔偿。
这么做，显然是为了保全扶桑内阁的面子。
要扶桑一次拿出几千亿华元，显然是不大现实的事情，而分成二十年，那么每年赔偿的金额都不会太多。关键就是，扶桑是拿关税进行赔偿，不用直接支付赔款，至少能给国民一个交代。
当时，在很多人看来，最麻烦的肯定是第三个问题。
只是，双方没有花多少时间就解决了这个问题。
办法很简单，维持现状。
在扶桑当局承诺全面停止在东海的军事行动后，华夏当局也做出保证，即不会改变现有局面，并且在正式签署停火协议之后的一周之内，撤走全部军事力量。
虽然在最初的时候，王学炽坚持要把该问题一并进行谈判，但是在跟扶桑多次接触无果之后，赵耀国降低了要求，即只要扶桑保证不再向存在争议的地区派遣包括海警巡逻舰在内的防卫力量，相关纠纷就可以另外进行谈判。山口友雄做出了保证，也同时提出尽快就相关问题展开谈判。
因为成功结束与华夏的冲突，所以在谈判期间举行的大选中，山口友雄获得了多数议员支持，成为扶桑首相。
此后，双方正式签署了停火协议。
在协议正式生效后的第七天，最后一批华夏军人撤离。在撤走前，他们拆掉了导航灯塔，还建造了一座纪念碑，以此纪念在战斗中牺牲的将士。
当然，这些都是后话了。